Вопросам обеспечения безопасности в ЦО № 654 уделяется большое внимание.
Охрану ЦО № 654 осуществляет ООО ЧОП "Рубеж - Т", согласно гос.контракта №9100-ЮВАО-03 от 27 декабря 2011 г. Охрана Центра осуществляется круглосуточно, введён пропускной режим. Территории Центра находятся под видеонаблюдением. Каждые три часа сотрудники охраны совершают обход как пришкольных территорий, так и внутри зданий. Здания № 1 и № 2 оснащены электрическими травмобезопасными воротами, управление которыми ведётся с поста охраны. Особое внимание уделяется безопасному содержанию подвальных, чердачных, хозяйственных помещений (опечатываются, пломбируются).
В ЦО № 654 оформлены стенды наглядной агитации, отражающие вопросы безопасности. Здания ЦО оснащены современной пожарной сигнализацией и средствами пожаротушения. Посты охраны оснащены «тревожной кнопкой» для вызова сотрудников милиции.
В здании № 1 регулярно проводятся учебные эвакуации. Имеются планы (схемы) эвакуации на каждом этаже и в каждом кабинете здания № 1 и на каждом этаже в 1 и 3 блоках здания № 2. Проводятся уроки безопасности с учащимися. В школе работает ШП (штаб порядка), состоящий из старшеклассников.
В рамках программы «Школа безопасности» в ЦО организуются и проводятся лекции-беседы, на которых сотрудники ГИБДД, МВД, Наркологического диспансера, Кожно-венерологического диспансера освещают вопросы, связанные с личной безопасностью учащихся. (Например, «Нет наркотикам», «Поведение на улицах мегаполиса» и т.д.) Классные руководители проводят тематические классные часы по темам: «Безопасная дорога в школу», «Дорожные знаки», «Береги дом от огня», «Безопасное общение с огнём» и др.
АЗБУКА БЕЗОПАСНОСТИ. Мультипликационные ролики от МЧС.